Здравствуйте, Алексей!
Согласно п. ст.217 НК РФ (в редакции от 12.2015 года)
Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:
доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
Но, здесь есть такая оговорка.
Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи ценных бумаг, а также на доходы от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности;
Поскольку коммерческое помещение до сих пор используется в предпринимательской деятельности, то в случае его продажи необходимо будет уплатить НДФЛ,