Была подана апелляция на решение районного суда о привлечении к адм.ответственности ООО, но она была оставлена без рассмотрения как поданная неуполномоченным лицом(доверенность была неправильно оформлена).

Добрый день, Ильгиз! А вопрос у Вас в чём? 

Согласно ст. 25.4 КоАП РФ:

2. Законными представителями юридического лица в соответствии с настоящим Кодексом являются его руководитель, а также иное лицо, признанное в соответствии с законом или учредительными документами органом юридического лица. Полномочия законного представителя юридического лица подтверждаются документами, удостоверяющими его служебное положение.

Если жалоба была подана ненадлежащим лицом, не имеющим полномочий на представление интересов ООО, то суд правомерно отказал в её принятии.