Роман, доброго дня! у вас в общем-то 2 варианта:
1) официально ликвидировать ООО, но в этом случае придется погасить долги перед кредиторами и бюджетом в рамках ликвидационного баланса, а него войдут и активы (недвижимость) и пассивы (долги).
2) в первую очередь перевести имущество на иных ЮЛ (в вашей ситуации неплохим вариантом будет оформить соглашение о зачете встречных требований, по которому ваше ООО расчитается перед иным подконтрльным ЮЛ своим имуществом за имеющийся долг. Как правило такие долги возникаю за оказанные услуги/ работы). Право на проведение зачета предусмотрено ст. 410 ГК РФ:
Обязательство прекращается полностью или частично зачетом встречного однородного требования, срок которого наступил либо срок которого не указан или определен моментом востребования. В случаях, предусмотренных законом, допускается зачет встречного однородного требования, срок которого не наступил. Для зачета достаточно заявления одной стороны.
после вывода имущества вы сможете приступить к процедуре ликвидации.