Никита, добрый вечер! Вы иск подавали в суд общей юрисдикции или арбитражный суд как юридическое лицо?
Согласно ст. 333.40 Налогового Кодекса РФ:
1. Уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае:
3) прекращения производства по делу (административному делу) или оставления заявления (административного искового заявления) без рассмотрения Верховным Судом Российской Федерации, судами общей юрисдикции или арбитражными судами.
Заявление о возврате государственной пошлины подается в суд, в производстве которого находилось дело по Вашему иску. Суд выносит определение о возврате государственной пошлины. Данное определение после вступления его в законную силу вместе с заявлением о возврате госпошлины Вы вправе предъявить в ИФНС по месту оплаты госпошлины (указано в квитанции об оплате как получатель платежа). Госпошлина возвращается ИФНС на счет в банке, указанный Вами в заявлении.