заключили заявку на перевозку груза с одной компанией, в ней в разделе оплата указывается, что счёт надо выставить другой компании и указываются реквизиты, что мы и сделали в итоге та компания оплатила услуги по счёту. Акт выполненных работ не подписали. Товаротранспортная накладная есть. какие последствия ?

Добрый день. Вы заключили не договор перевозки, а оформили некую заявку. Последствия могут различными. Попробуйте провести переговоры и заключить полноценный договор. О последствиях пока рано говорить.