Добрый день! Подскажите пожалуйста, наша компания приобретает по лицензионному соглашению неисключительное право на ПО В Словакии  , должна ли наша компания уплатить НДС и налог не прибыль в качестве налогового агента?

Здравствуйте. Данная операция не облагается НДС, поскольку не является объектом НДС в соответствии со ст. 146 НК РФ.

Налог на прибыль удержать с контрагента нужно. Согласно пп. 4 п. 1 ст. 309, доходы от использования в РФ прав на объекты интеллектуальной собственности относятся к доходам иностранной организации от источника в РФ. Налогом на прибыль облагаются. Согласно п. 1 ст. 310 вы являетесь налоговым агентом, удерживаете и уплачиваете налог на прибыль при каждой выплате дохода, в валюте выплаты дохода. Согласно абз. 3 п. 1 ст. 310, пп. 1 п. 2 ст. 284 НК РФ, применяется ставка 20%.