Я являюсь руководителем отдела МВД на районом уровню .. в гражданском браке со мной проживает моя подчиненная ... является ли данная ситуация конфликтом интересов и законно ли требование вышестоящего управления о переводе меня либо гражданской супруги в другой территориальный орган ? Спасибо!

Здравствуйте. Это стандартный перебор в МВД. Конечно их требования не законны, ведь она не является Вам близким родственником, а если она не в непосредственном подчинении, то вообще говорить не о чем. Это де юре, но есть ещё и личные отношения с руководством. Вам решать. Удачи. С уважением Юрий Александрович.