Здравствуйте. У меня есть к Вам несколько вопросов. Может ли юрист на предприятии, состоящий в прекрасных отношениях с начальством, фактически управлять фирмой, как главный администратор?

Если юристу делегированы такие права например, на основании доверенности.  По крайней мере, в таком случае действия юриста будут являться законными.  Здесь уже все зависит от начальства. Здесь конечно необходимо обратить внимание на соблюдение ст. 13.3. 273-ФЗ «О противодействии коррупции», так как даже частные компании обязаны принимать целый комплекс мер, направленных на профилактику таких проявлений.