Добрый день!
Являюсь гражданином РФ и Республики Молдавии. Имею внутренние и загранпаспорта обоих государств.
Хочу полететь в Германию. Нужно ли мне иметь визу в российском загранпаспорте или мне достаточно показать молдавский загран, который дает мне право находиться на территории ЕС? Могут ли у менять быть проблемы при выявлении молдавских документов?

Добрый день.

Стас, при выезде из России Вы предоставляете свой заграничный паспорт гражданина РФ.

А при прохождении пограничного контроля в Германии можете представить паспорт гражданина Молдовы с проставленной в нем визой.

Это не будет являться нарушением. 

Действующее законодательство не запрещает Вам это сделать

На этот счет существует оговорка, что въезд и выезд из РФ осуществляется по заграничному паспорту РФ. По какому паспорту Вы въехали на территорию иностранного государства уже не имеет значения. 

В силу ст. 6 ФЗ от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»

Выезд из Российской Федерации и въезд в Российскую Федерацию граждане Российской Федерации осуществляют по действительным документам, удостоверяющим личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации.

Более того, порядок контроля при пересечении границы определен в 

Приказе ФСБ России от 08.11.2012 N 562
«Об утверждении Административного регламента Федеральной службы безопасности Российской Федерации по исполнению государственной функции по осуществлению пограничного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации»

согласно которому

31. Основанием для пропуска через государственную границу лиц является наличие действительных документов на право въезда лиц в Российскую Федерацию или выезда их из Российской Федерации

Таким документом является заграничный паспорт РФ.

При въезде же в Германию — там не принципиально по какому паспорту Вы выезжали из РФ, главное чтобы у Вас была действующая виза ЕС и гражданство одной из стран на документы которой данная виза оформлялась.