на земльном участке под ИЖС дом и магазин, на какой вид разрешенного использования земли лучше подать документы, чтобы оба объекта были законны

Здравствуйте Ольга!

Приказ Министерства экономического развития РФ от 1 сентября 2014 г. N 540 «Об утверждении классификатора видов разрешенного использования земельных участков» устанавливает, какие виды объектов разрешается строить на участках, с различным ВРИ. 

Таким образом, если участок выделен и поставлен на кадастровый учет как ИЖС, то магазин там строить нельзя.

Как вариант Вы можете разделить земельный участок, часть будет по ИЖС, вторая часть с ВРИ под предпринимательство (код 4.4. в соответствии с вышеуказанным приказом), при этом необходимо будет учитывать минимальные размеры ЗУ, установленные  в Вашем регионе.