Здравствуйте. Чтобы вас сняли с учета как плательщика ЕНВД, вы должны специально подавать заявление о снятии с учета:
Снятие с учета налогоплательщика единого налога при прекращении им предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, переходе на иной режим налогообложения, в том числе по основаниям, установленным подпунктами 1 и 2 пункта 2.2 статьи 346.26 настоящего Кодекса, осуществляется на основании заявления, представленного в налоговый орган в течение пяти дней со дня прекращения предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом, или со дня перехода на иной режим налогообложения <...> — п. 3 ст. 346.28 НК РФ
Таким образом, подавая только уведомление о переходе на УСН, но не подавая специальное заявление о снятии с учета, вы останетесь на ЕНВД.
В заявлении о переходе на УСН проставляйте в графе «признак налогоплательщика» цифру 3.