погасит ли Минобороны мою ипотеку если я уйду на пенсию с выслугой 20 лет по окончании контракта ?

Здравствуйте! 

Согласно ст. 10 Федерального закона «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих»

Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является: 

1) общая продолжительность военной службы, в том числе в льготном исчислении, двадцать лет и более.

Это означает, что при наличии Вашей выслуги  Вам не придется возвращать государству денежные средства: ни ЦЖЗ, ни ежемесячные платежи. НО  в случае, если Вы уже приобрели по программе Военная ипотека квартиру или частный дом, то при увольнении ВАм не будут положены дополнительные выплаты от государства и придется погашать все задолженности из собственных средств.