Покупаем квартиру в ипотеку. Альтернативная продажа. И тут вдруг продавец верхней квартиры говорит, что не сможет приехать на выемку денег из ячейки и собирается оформлять доверенность на третье лицо. Насколько это правомерно и и чем это может грозить? Получается мой первоначальный взнос и деньги банка заберет какой-то левый человек, о котором я ничего не знаю? Или как это происходит на практике?

В этом ничего такого нет. Часто по доверенностям в договорах КП выступают по доверенности другие люди, в том числе и мы адвокаты. Можете проверить доверенность попросив любого нотариуса об этом. Сейчас единая база доверенностей.