Я гражданин Кыргызстана приехал в Россию.

У меня миграционная карта на три месяца, а регистрацию я купила на год.

Вопрос - должны ли совпадать сроки прибывания в миграционке и в регистрации.

Здравствуйте, Салтанат! Не очень понятно каким образом и у кого  вы «купили » регистрацию на 1 год! В России любая регистрация оформлется только в  подразделениязхпо вопросам миграции МВД России. И срок временного пребывания иностранного гржданина ( если только вы не заключали трудовой договор)- не более 90 суток в соответствии со ст.5 Федерального закона «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации» от 25.07.2002 N 115-ФЗ.

То есть ваша регистрация- это подделка